O Instituto Federal do Tocantins organiza seus pesquisadores a partir de grupos de pesquisa, cadastrados no Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), que articulam suas atividades de ensino, pesquisa, iniciação científica e pós-graduação.

A Criação de Grupos de Pesquisa no IFTO é um procedimento realizado em fluxo contínuo, regulamentada pela Resolução nº 15/2012/Conselho superior/IFTO de 31 de outubro de 2011. Os Grupos de Pesquisa devem possuir, no mínimo, 1 (uma) Linha de Pesquisa e, no máximo, 10 (dez). Para participar dos programas de pesquisa do IFTO os pesquisadores devem ser participantes de um grupo de pesquisa certificado. Este acompanhamento é responsabilidade da diretoria de pesquisa do IFTO.